Die Anfänge der Neuapostolischen Gemeinde Tübingen liegen in Reutlingen. Dort wurde 1906 eine Apostolische Gemeinde (ab 1907 Neuapostolische Gemeinde) gegründet, an deren Gottesdiensten auch Tübinger Bürger teilnahmen. Im April 1908 wurde Diakon Jakob Lamparter beauftragt, in Tübingen die Voraussetzungen für die Gründung einer eigenen Kirchengemeinde zu schaffen. Schon bald fanden Gottesdienste in einer Wohnung in der Ulrichstraße statt und schließlich besuchte am 13. November 1908 Apostel J.G. Bischoff die Gläubigen. In diesem Gottesdienst wurde Diakon Jakob Lamparter zum Priester ordiniert und beauftragt, die nunmehr eigenständige Tübinger Kirchengemeinde als Vorsteher zu leiten.
Die folgenden Jahre waren durch stetiges Wachstum und damit verbundene Umzüge geprägt. 1930 plante man den Bau einer eigenen Kirche. Der Architekt Karl Weidle hatte der Kirchengemeinde das Baugrundstück in der Brunsstraße 24 verkauft. Sein Entwurf und dessen Umsetzung sind von der Neuen Sachlichkeit, dem Bauhausstil, geprägt.
Am 22. November 1931 weihte Bezirksapostel Karl Gutbrod das Gotteshaus ein.
Schon kurz nach der Einweihung des Kirchengebäudes in der Brunsstraße entwickelte sich ein breit gefächertes Gemeindeleben. Verschiedene Chöre und ein Orchester wurden gegründet, Sonntagsschule und Religionsunterricht eingerichtet und die Gemeinschaft mit Ausflügen und Festen gepflegt.
Am 1. Januar 1934 wurden die in Pfrondorf wohnenden Gemeindemitglieder zu einer eigenständigen Kirchengemeinde zusammengefasst. Von Tübingen aus konnten in den Folgejahren weitere Kirchengemeinden in Unterjesingen, Rottenburg, Kusterdingen sowie im Steinlachtal und im Gäu gegründet werden.
Die Kriegsjahre brachten auch für die Tübinger Kirchengemeinde zahlreiche Entbehrungen mit sich. So fanden wegen fehlenden Heizmaterials in den Wintermonaten jeweils zwei Gottesdienste unmittelbar nacheinander im kleinen Saal der Kirche statt.
Ihr 50-jähriges Jubiläum beging die Kirchengemeinde am 16. November 1958 mit einem festlichen Gottesdienst, der von Bezirksapostel Georg Schall durchgeführt wurde.
Im Jahre 1981 wurde die Kirchengemeinde Tübingen in die beiden selbständigen Gemeinden Tübingen-Mitte und Tübingen-Süd aufgeteilt, nachdem ein weiteres Kirchengebäude in der Moltkestraße 26 in Tübingen-Derendingen erbaut worden war.
Am 22. Februar 1981 wurde das neue Kirchengebäude in der Moltkestraße 26 durch Bezirksapostel Karl Kühnle eingeweiht. Ein besonderer Höhepunkt für die Gemeinde Tübingen-Süd war der Besuch des Stammapostels Hans Urwyler am 5. Juli 1981. In den folgenden 21 Jahren bestanden in Tübingen zwei Kirchengemeinden.
Aufgrund der allgemeinen demographischen Entwicklung wurde jedoch deutlich, daß eine Zusammenlegung der beiden Kirchengemeinden für ein langfristig funktionierendes Gemeindeleben wesentliche Vorteile bieten würde. Vor diesem Hintergrund wurde das denkmalgeschützte Gebäude in der Brunsstraße als künftiger Standort der zusammengeführten Gemeinde festgelegt. Zuvor war jedoch eine umfassende Sanierung der über 70 Jahre alten Kirche erforderlich. Wesentliche Ziele waren dabei die Wiederherstellung des originalen Baustils, Veränderungen der Raumstruktur für die zeitgemäße Gestaltung des Gemeindelebens und Barrierefreiheit.
Im Rahmen eines Festaktes bezogen die Mitglieder der beiden vorher selbständigen Gemeinden Ende 2004 ihr gemeinsames renoviertes Kirchengebäude.
Als Vorsteher wurde Hirte Rolf-Dieter Kittel beauftragt.
Die Gemeinde durfte im Jahr 2008 ihr 100-jähriges Bestehen feiern. Ein herausragendes Ereignis war im Jubiläumsjahr der Besuch des Kirchenpräsidenten der Neuapostolischen Kirche Stammapostel Wilhelm Leber.
Am 22. Juni 2014 wurde Gemeindevorsteher Rolf-Dieter Kittel in einem festlichen Gottesdienst in den Ruhestand gesetzt. Arndt Bayer leitet seit diesem Tag die Gemeinde mit ihren ca. 500 Mitgliedern und wird dabei von mehreren Amtsträgern in der seelsorgerischen und operativen Arbeit unterstützt.
Die Kirchengebäude im Stadtteil Pfrondorf wurde am 8. November 2018 in einem Gottesdienst durch Apostel Martin Schnaufer profaniert. Die Gemeinde Pfrondorf wurde in diesem Zusammenhang wieder in die Gemeinde Tübingen eingegliedert.
Im Jahr 2019 stimmte die Arbeitsgemeinschaft Christlicher Kirchen ACK für die Aufnahme der neuapostolischen Kirchengemeinde Tübingen und für die Verleihung des Gaststatus.
Gottesdienste werden jeden Sonntag und am Mittwochabend gefeiert. Diese werden per Telefon und seit 2020 auch per Livestream übertragen, was sich besonders in der Zeit der Corona-Pandemie bewährt hat. Die Jugend kommt monatlich zu Jugendgottesdiensten und weiteren Veranstaltungen zusammen, welche im Kirchenbezirk angeboten werden.
Ein Gemeindechor, eine Instrumentalgruppe und mehrere Organisten begleiten die Gottesdienste musikalisch. Im Rahmen der Reihe „Stunde der Kirchenmusik“ finden schon seit dem Jahr 2005 jährlich mehrere Konzerte statt, wobei die beindruckende Mühleisen-Orgel sowie und Instrumental- und Gesangsensembles im Mittelpunkt stehen.
Für die Kinder gibt es altersgerechte Vorsonntagsschule, Sonntagsschule und Unterrichte. An den im Kirchenbezirk unter dem Motto "Kids aktiv" angebotenen Aktionen nehmen auch Kinder der Gemeinde Tübingen teil.
Gemeinsam mit den Kirchengemeinden Ammerbuch-Pfäffingen und Rottenburg treffen sich die Senioren regelmäßig im Gartengeschoss der Gemeinde Tübingen.
Auf vorliegender offizieller Internetseite www.tuebingen-nak.de wird seit 2004 über besondere Gottesdienste, Termine, Festlichkeiten, Gemeindeaktivitäten, karitative Aktionen, Konzertveranstaltungen und vieles mehr berichtet.